Womit reinigst/desinfizierst Du denn die Stellen? Glaub man nicht, dass Katzen nichts mehr riechen, wenn Du nichts mehr riechst. Ihre Nase ist ungleich feiner als unsere! Wenn es sich um Holz, Matratzen, Sofas etc. handelt, wirst Du den Geruch wirklich nur mit einem Spezialmittel, eben z. B. Nodor entfernen können, sonst wird er immer wieder auf die Stellen pieseln.
Sind es immer die gleichen Stellen? Dann leg Alu-Folie drüber oder stelle einen gefüllten Fressnapf drauf. Manchmal hilft das.
Das sind aber alles nur sekundäre Probleme. Das Hauptproblem ist, herauszufinden, warum Deine Katze das macht. Wie Anne schon schrieb - sie ist leider überhaupt nicht sozialisiert und hat von Mama/Geschwistern unter anderem nicht lernen können, wie das alles so funktioniert mit dem Klo.
Ich gehe davon aus, dass Dein Kleiner ganz erhebliche Probleme hat und das will er Dir zeigen, in dem er unsauber ist. Meine stärkste Vermutung ist schlicht und einfach Frust. Sicherlich ist er viel allein - das passt ihm nicht, denn Katzen sind keine Einzelgänger und schon gar nicht so kleine Kätzchen.
Denk bitte ernsthaft über einen Kumpel zu seiner Gesellschaft nach. Ich gehe davon aus, dass das Dein Problem lösen wird.