Ideal wäre es, wenn du für den Wassernapf noch einen anderen Platz findest, Katzen trinken nämlich auch nicht gern da wo sie fressen

... So 2 m Abstand sollten aber genügen.
Wenn die 2 noch Kitten sind, ist ja noch alles drin. Vermutlich haben sie gleich von Anfang an daneben gemacht, dann sind die Chancen noch grösser das ihnen die Plätze von Klo/Wasser/Futter einfach nicht gepasst haben.
Wenn die Klappe von deinem Klo kaputt ist, nimm sie doch einfach raus

(oder hast du das schon?) Manche Kitten kommen mit Klappen noch nicht so recht klar, und dann ist es sowieso besser, sie für einige Monate oder immer ganz rauszunehmen.
Möglich ist auch, das sie beim Vorbesitzer nur offene Klos kannten... Wenn das so ist, wäre es zumindest für den Anfang vielleicht noch besser, du nimmst den Deckel ganz ab...
Wenn sie das klo dann problemlos nutzen, kannst du den Deckel ja wieder drauftun und immernoch überlegen, ob eine Klapptür rein muss oder es auch so gut ist.
Darf ich fragen wie alt die Kleinen sind, wie alt sie waren als sie zu dir kamen und wie die... Naja... "Verhältnisse" waren, dort wo sie herkamen? Weisst du ob sie dort sauber waren?
Öfter am Tag ins Klo setzen und kräftig loben ist schonmal SEHR gut, am besten wäre es natürlich wenn du sie mal erwischst, wenn sie gerade machen wollen (runterbücken und "angestrengter" Geichtsausdruck

)und dann schnell ins Klo setzt. Wenn sie dann wirklich reinmachen, GAAAAANZ doll oben und Leckerlis geben. So werden sie es schon mit der Zeit verstehen.
Tja... Also... In Sachen Katzenfütteurng und- Erziehung wirst du hier so einiges nützliches finden, ein gutes Buch darüber könnte ich dir jetzt gar nicht nennen, denn die die ich mir irgendwann mal geholt habe sind einfach.... Seicht... Da findest du in Foren glatt mehr und bessere Infos.
Zum allgemeinen Verständnis von Katzen ist Catwatching von Desmond Morris sehr interessant und schön zu lesen. Meins habe ich bei Weltbild gekauft, war im Sonderangebot, möglichreweise gibt es das da noch.
In Sachen Klo- Erziehung:
Wenn sie danebenmachen, nicht bestrafen, und auf keinen Fall Dinge wie Nase in Kot stecken oder so machen... Das ist für Katzen völlig unverständlich und fördert erst recht noch mehr Protestverhalten.
Am sinnvollsten ist es, die Exkremente einfach wortlos zu entsorgen und wenns denn klappt, loben.
Für andere Erziehungsmaßnahmen sieht es ähnlich aus, tritt ein Fehlverhalten auf, erstmal x mal das richtige Verhalten zeigen, also z.B. mit der Katze zusammen am Kratzbaum kratzen etc.
Kommt das Fehlverhalten später doch wieder vor, leistet eine Blumen- Wasserspritze oder ein scharfes NEIN bzw. in die Hände Klatschen gute Dienste. Diese aber nicht zu exzessiv anwenden, es würde die Katze verschrecken.